基本原理在于氯溶于水后生成次氯酸。由于次氯酸体积小，电荷中性，易于穿过细胞壁。同时，它又是一种强氧化剂，能损害细胞膜，使蛋白质、RNA和DNA等物质释出，并影响多种酶系统（主要是磷酸葡萄糖脱氢酶的巯基被氧化破坏），从而使细菌死亡。氯对病毒的作用，在于对核酸的致死性损害。病毒缺乏一系列代谢酶，对氯的抵抗力较细菌强，氯较易破坏-SH 键，而较难使蛋白质变性